秦政府一直是不同程度地信用儒生的，并是不要“坑掉”他们。秦始皇一直到死，身边都聚集着很多儒者色彩的“博士”。这些儒者色彩的博士常在御前议事，跟丞相、皇帝一起交互发言，可见其地位满高。
    秦政府的文件中，也并不是一味强调刑罚，它也注重伦理秩序的建设，非常强调儒家的“忠”“孝”道德观念，某些刑罚条款中格外体现了奖励“孝”的原则，而政府布告上则突出了“忠”，要求官吏“宽容忠信”“宽以治民”（秦简《为吏之道》），这些都是儒家的学说字眼。当秦始皇巡游泰山琅琊等处的时候，留下的刻石文字也有“专隆教诲、男女礼顺”字样，与儒家观点相合。总之秦始皇和后代许多君王一样，属于实用主义者，并不专采一家，他是儒法并用，当然以法家为主。
    秦二世胡亥发言说话时，甚至也反复显示自己奉行“忠、孝、义、德”这些东西作为做人的最高原则，而这些东西无一不是儒家学说的核心观念。后来扶苏、蒙恬被赐死，罪名竟也分别是“不孝”和“不忠”。看得出来，秦王朝的整个统治集团的内部，是或多或少染有儒家的价值观与教义的。秦朝廷有博士官，《李斯列传》记载：“秦既焚书，诸生到者拜为郎，前后七百余人。”郎是可以贴近皇帝的官。而孔子九世孙孔鲋，通六艺，秦始皇甚至将他召封为“文通君”，是封君级别的高爵了。
    后来，到了秦二世时代，陈胜吴广起义了，对于这样的大事胡亥需要召人来询问对策，被召来的人竟也是一帮“博士诸儒生”！人数多达三十余人。可见从秦始皇到秦二世时代，儒生们一直不同程度地参与到秦政府的高级决策层中。
    所以，说秦王朝专意迫害儒家，这是错误的。“坑儒”的说法更是后人的讹传。
    《史记》里原本说的是“坑术士”。《汉书》说道也是“杀术士”。同一时期另一个汉朝人“伍被”则依旧说是“杀术士”。至于后代司马光、苏东坡这些比较严谨的文人，也都是说“屠术士”。
    当然，有些史料上（比如《史记》）也说到坑“文学方术士”，或者“诸生”这样的字眼，似乎被坑者也含有一些儒生。但是我们不要忘了，《史记》上很关键的一句，经过在咸阳排查，“议论不合者”460人，才被坑掉。也就是说，坑的实际是政见不合者，而不是以“学儒”作为排查出来坑掉的标准。“议论不合者”、政见不合者，这近乎于反对政府者，在专制时代永远是要挨坑的，不管是落在什么朝代，落在哪个皇上手里，也不管他是学儒还是学法，这么做固然不是好事，但也似乎不必对老秦的这么做就过分大惊小怪，而且是区区460人。
    事实上，儒家向来柔顺，儒学最核心就是强调崇君和等级，哪个皇帝不知道这是好事。秦始皇会不知道对此可以加以借用？！历史上有非跟儒家过不去的皇帝，我不相信。
    另外，坑杀460人，这个数目并不大，它只是偶然一次杀戮行动，而不是一场广泛的政治打击运动。史家和学者不应该对此事大惊小怪。只是史料上没有把这些被坑者的“错误言行”记载下来，使得大家似乎觉得这是完全无辜的人。当然，他们用现在眼光来看，是无辜的人。但在那个时代呢，如果他们的言行被记录下来了，恐怕换了后代的100个皇帝，90个都得说杀！
    最后还要罗嗦一下。
    儒者虽然一定程度进入了秦统治班子，但毕竟没有太受重用，这也是不争的事实。这跟儒术在当时尚不完备有关系。先秦儒家在伦理方面的学说还比较发达，演习起礼仪来也很带劲，但涉及政治和治国领域，其主张就含糊朦胧，苍白凌乱，更多是《春秋》书里夹在字缝中的“微言大义”，体系凌乱，遮遮掩掩，欲语还休，远没有法家体系来得翔实严密自成一套而且可操作性强。一本《论语》，也是“修养的意味极重，而政治的意味极少”（顾颉刚）。这样的东西，自然不可能成为统治者的核心利器。事实上，一直到了汉朝建立七八十年，儒学都没有得到政府的采用，就是因为它不足用。
    直到董仲舒出来，把传统儒学做了极大的发展，吸收引入了法家、道家、墨家、阴阳家的很多重要观点，比如赏罚、兼爱什么的，健全丰富了儒家学说在治国体系方面的原始不足，终于杂糅百家，成为了“新儒学”，才得到汉武帝的信用，抬举它作为治国的主要学说，从此成了中国官方的主流意识。
    所以，在董仲舒的“新儒学”推出之前，秦始皇也好，汉初几个皇帝也好，往儒冠里尿尿的刘邦也好，都没有太尊用儒家，也就完全可以理解了。这与其说是皇帝们的不对，不如说怪儒家自己尚不够完善。